Muchas de las especies del género son muy similares, sobre todo en sus estadios juveniles, y dificultan su clasificación teniendo en cuenta que en la mayoría de ocasiones desconocemos la localidad de orígen de las semillas.
A la hora de identificar una planta de Coryphantha (hablamos de plantas de cultivo) tenemos que tener en cuenta principalmente dos aspectos; las características de la espinación (juvenil y adulta) y las características de la flor. Después entran otros factores decisivos en algunos casos como las características de la raíz, la forma de las aureolas o la disposición de los tubérculos.
Características de las espinas
Es importante diferenciar las espinas radiales, que suelen disponerse de forma 'radial' alrededor de la aureola, y las centrales que salen del centro de la misma y son más robustas y largas.
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Características de la flor
En la flor es importante tener en cuenta longitud, diámetro y las características de estambres y estigma.
detalle de la flor de C.pallida con sus filamentos rojos típicos
detalle de la flor de C.hintoniorum
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detalle del centro de la flor de C.salinensis fuertemente coloreado en rojo.